Сельскохозяйственная биология, 2012, № 4, с. 36-41.

doi: 10.15389/agrobiology.2012.4.36rus

УДК 636.03:636.018:575.174.015.3

ГОМОЛОГИЧНЫЕ НУКЛЕОТИДНЫЕ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ФЛАНГА РЕТРОТРАНСПОЗОНА PawS5 ИЗ СЕМЕЙСТВА R173 В ГЕНОМАХ ЖИВОТНЫХ И РАСТЕНИЙ

В.И. ГЛАЗКО, М.А. ЕЛЬКИНА, Т.Т. ГЛАЗКО

У пород крупного рогатого скота, овец и домашней лошади, а также сортов риса сравнили спектры продуктов амплификации, получаемые в полимеразной цепной реакции с использованием фланга ретротранспозона PawS5 семейства R173 в качестве праймера. Обнаружено, что спектр ампликонов имеет выраженные породо- и сортоспецифичные характеристики. Обсуждаются возможные причины присутствия в геномах животных и растений гомологичных нуклеотидных последовательностей, ассоциированных с ретротранспозонами, их полиморфизм и эффективность использования в качестве якоря (anchor) для полилокусного геномного генотипирования сельскохозяйственных видов животных и культурных растений.

Ключевые слова: инвертированные терминальные участки ретротранспозонов, IRAP-PCR маркеры (Inter-Retrotransposon Amplified Polymorphism), полилокусное генотипирование, полиморфное информационное содержание, доля полиморфных локусов.

Полный текст

HOMOLOGOUS NUCLEOTIDE SEQUENCES OF THE FLANK OF RETROTRANSPOZON PawS5 OF R173 FAMILY IN ANIMAL AND PLANT GENOMES

V.I. Glazko, M.A. El’kina, T.T. Glazko

A comparative analysis was carried out of the amplification product spectra received in polymerase chain reaction with the use of both animal (cattle, sheep and horse breeds) and plant (rice varieties) DNA and the flank of retrotransposon PawS5 of R173 family as a primer. The breed-specific traits in animals and the variety-specific traits in rice were revealed in the amplicons spectra. The possible reasons for presence in genomes of animals and plants of the homologous nucleotide sequences associated with the retrotransposon, their polymorphism and efficiency of use as an anchor for a polylocus genomic genotyping of plants and animals are discussed.

Keywords: the inverted terminal retrotransposon repeats, IRAP-PCR markers, polylocus genotyping, polymorphic information contents, share of polymorphic loci.

Оформление электронного оттиска