Иммунитет и защита растений
О ПОЛИМОРФИЗМЕ RAPD-МАРКЕРОВ У РАЗЛИЧНЫХ
ТАКСОНОВ ПОЛУЖЕСТКОКРЫЛЫХ (Hemiptera)
Изучали молекулярно-генетический полиморфизм особей в популяциях клопов — вредителей сельскохозяйственных культур, принадлежащих к 9 видам разных родов и семейств с использованием в PCR праймеров ОРА06 и GT09. По наиболее часто встречаемым и воспроизводимым ДНК-фрагментам (всего 58 RAPD-маркерам) провели кластерный и канонический дискриминантный анализ. Все 127 особей четко распределились в кластеры в соответствии с видовой принадлежностью. В отдельную группу выделялись клопы-щитники (Pentatomidae) и представители вида Eurygaster integriceps (Scutelleridae), что указывает на генетическое сходство клопов вредная черепашка с представителями сем. Pentatomidae и, возможно, на необходимость пересмотра их таксономической принадлежности к сем. Scutelleridae.
Ключевые слова: клоп вредная черепашка, популяция, молекулярно-генетический полиморфизм, ДНК, ПЦР, RAPD.
Key words: Sunn pest, population, molecular-genetic polymorphism, DNA, PCR, RAPD.
Изучение генетической структуры популяций — эффективный способ контроля и управления происходящими в ней процессами. К общепринятым методам анализа молекулярно-генетического полиморфизма относятся полимеразная цепная реакция (PCR — ПЦР) и ее различные модификации, в том числе RAPD-PCR (randomly amplified DNA PCR —случайным образом амплифицированная ДНК), которая позволяет оценить молекулярно-генетический полиморфизм популяции, внутри- и межвидовую изменчивость, используется в исследованиях таксономии и филогенетических отношений между различными видами. Для повышения информативности RAPD-метода амплификацию проводят в нескольких повторностях и выявляют высоковоспроизводимые фрагменты ДНК, которые могут быть использованы при анализе. Кроме того, выполняют предварительный скрининг и тестирование праймеров на информативность и воспроизводимость при разных концентрациях ДНК.
Остается открытым вопрос о гомологичности фрагментов ДНК с одинаковой электрофоретической подвижностью у разных особей. По-видимому, гомология имеет место при внутривидовых сравнениях (1) и, несомненно, будет проявляться в меньшей степени при межвидовых. Важно также отметить, что результаты, полученные с использованием RAPD, RFLP-, AFLP- и микросателлитных маркеров (2), а также изоферментных маркеров (3), сходны. В опытах по оценке воспроизводимости и ошибки RAPD-метода различия генетических расстояний, определенных разными методами, незначительно отличались от обусловленных ошибкой выборки.
Работа поддержана грантом РФФИ № 06-04-96644.
Несмотря на критику в адрес метода, он широко используется в молекулярно-генетических исследованиях популяций, в том числе в опытах с полужесткокрылыми (4-10). Однако в отношении клопов-щитников (надсемейство Pentatomoidea) подобные работы крайне малочисленны: нам известны только две — выполненные с Nezara viridula L.(Pentatomidae) в Бразилии (11) и Eurygaster integriceps Put. (Scutelleridae) в Иране (12).
При соблюдении ряда условий (примерно равные концентрации ДНК, выделенной одним методом, проведение реакции в одинаковых условиях, желательно в одной реакции на одном амплификаторе, с одним набором реактивов в нескольких повторностях) известные недостатки RAPD-PCR не препятствуют успешному использованию метода для целей систематики.
Задачей нашего исследования было определение с помощью метода RAPD-PCR молекулярно-генетического полиморфизма в популяциях клопов — представителей разных таксонов отряда Hemiptera и генетических расстояний между видами для систематизации исследуемых таксонов, а также анализ генетической структуры краснодарской популяции клопа вредная черепашка по RAPD-маркерам.
Методика. Объектом исследования служили от 6 до 33 особей клопов следующих видов: Graphosoma lineatum L., Nezara viridula L., Dolicorys baccarum L., Eysarcoris incospicnus h-s., Piesodorus lituratus, Palomena prasina (Hemiptera, Pentatomidae), Pyrrhocoris apterus (Hemiptera, Pyrrhocoridae), Coreus marginatus (Hemiptera, Coreidae), Eurygaster integriceps Put.(Hemiptera, Scutelleridae). Клопов собирали зимой 2006 года в лесополосе на территории института Всероссийского НИИ биологической защиты растений (г. Краснодар). Всего было проанализировано 127 особей, относящихся к разным таксонам.
ДНК выделяли СТАВ-методом из целых мелких насекомых, а также из головы, лапок и переднеспинки крупных особей с дополнительной обработкой препаратов РНК-полимеразой и фенолом (13). Амплификацию ДНК и электрофорез выполняли по протоколам, описанным ранее (14). В реакции RAPD-PCR использовали следующие праймеры: 5'-GGTCCCTGAC-3' (OPA06) и 5-'TCTGCCGTGA-3' (GT09).
Кластерный анализ и построение дендрограмм проводили по методу UPGMA (unweighted pair-group method with arithmetical averages — невзвешенный парногрупповой метод с арифметическим усреднением).
Статистическую обработку данных выполняли с помощью программы Treecon и пакета прикладных программ SPSS.
Результаты. Предварительный скрининг девяти праймеров позволил отобрать два — ОРА06 и GT09 (с наибольшей информативностью по числу синтезируемых полиморфных ДНК-фрагментов и воспроизводимостью при разных концентрациях ДНК), которые были использованы в дальнейшей работе.
В целом по изученным видам насекомых с помощью праймера ОРА06 было выявлено от 16 до 35 RAPD-маркеров; с помощью праймера GT09 — от 12 до 27 (табл. 1, рис. 1). Среднее число ампликонов на особь по праймерам ОРА06 и GT09 в зависимости от вида составляло соответственно от 5,6 до 11,7 и от 4,2 до 13,5, средняя степень полиморфизма — соответственно 92,4 и 86,2 %; размеры продуктов амплификации варьировали соответственно от 100 до 2300 и от 170 до 2700 п.н.
По наиболее часто встречаемым и воспроизводимым ДНК-фраг-ментам для двух праймеров (всего в сумме 58 RAPD-маркеров) провели кластерный анализ методом UPGMA и канонический дискриминантный анализ.
Все особи четко распределились в отдельные кластеры в соответствии с видовой принадлежностью (рис. 2). При этом в самостоятельный кластер выделились особи видов Pyrrhocoris apterus и Coreus marginatus, не принадлежащие к семейству Pentatomidae. Один большой кластер сформировали представители видов Eurygaster integriceps Put. (Hemiptera, Scutelleridae), Graphosoma lineatum, Nezara viridula и Piesodorus lituratus (Hemiptera, Pentatomidae), еще один — Dolicorys baccarum, Palomena prasina и Eysarcoris incospicnus (Hemiptera, Pentatomidae). Несколько неожиданно внешне сходные по морфологии особи видов Nezara viridula и Palomena prasina относились к разным кластерам, что указывает на более значительные генетические различия между этими видами по сравнению с другими исследованными видами клопов-щитников. Кроме того, клоп вредная черепашка Eurygaster integriceps (Scutelleridae)ипредставители сем. Pentatomidae оказались генетически очень близкими.
|
|
Рис. 1. Электрофореграммы продуктов амплификации ДНК (метод RAPD-PCR) у различных представителей отряда Hemiptera. Праймер GT09, маркеры молекулярной массы — стандартный набор рестриктов lPstI; А-И — соответственно Dolicorysbaccarum L., Graphosomalineatum L., Nezaraviridula L., Piesodoruslituratus L., Eysarcorisincospicnus h-s., Eurygasterintegriceps Put., Palomenaprasina, Pyrrhocorisapterus, Coreusmarginatus. |
1. Полиморфизм ДНК некоторых представителей отряда Hemiptera по RAPD-маркерам |
|||||||
Вид |
Праймер |
Число |
Степень полиморфизма, % |
Размер |
Набор |
Число фрагментов |
|
пределы |
среднее |
||||||
Eurygaster integriceps |
ОРА06 |
26 |
95,7 |
170-1400 |
590 |
4-11 |
6,3 |
GT09 |
27 |
92,6 |
160-1700 |
600 |
4-14 |
10,3 |
|
Graphosoma lineatum |
ОРА06 |
25 |
92,0 |
150-2000 |
470 |
5-19 |
11,5 |
GT09 |
16 |
93,8 |
180-1080 |
470 |
2-13 |
6,6 |
|
Nezara viridula (Pentatomidae) |
ОРА06 |
23 |
95,8 |
280-1400 |
650 |
2-14 |
7,8 |
GT09 |
24 |
87,5 |
200-2700 |
620 |
7-19 |
13,5 |
|
Dolicorys baccarum |
ОРА06 |
31 |
96,8 |
100-1700 |
780 |
6-12 |
8,9 |
GT09 |
29 |
100,0 |
170-2100 |
Не выявлены |
4-14 |
9,3 |
|
Eysarcoris incospicnus (Pentatomidae) |
ОРА06 |
35 |
100,0 |
150-2300 |
Не выявлены |
9-16 |
11,7 |
GT09 |
27 |
100,0 |
170-1700 |
Не выявлены |
3-15 |
10,2 |
|
Piesodorus lituratus (Pentatomidae) |
ОРА06 |
20 |
85,0 |
220-1090 |
590 |
6-13 |
10,3 |
GT09 |
17 |
88,2 |
180-2000 |
620 |
2-13 |
9,9 |
|
Palomena prasina (Pentatomidae) |
ОРА06 |
16 |
87,5 |
490-2000 |
790 |
7-10 |
8,5 |
GT09 |
12 |
37,5 |
180-2300 |
980 |
7-11 |
8,8 |
|
Pyrrhocoris apterus |
ОРА06 |
20 |
85,0 |
280-1900 |
1250 |
4-18 |
11,5 |
GT09 |
9 |
88,9 |
320-1400 |
750 |
2-7 |
4,2 |
|
Coreus marginatus (Coreidae) |
ОРА06 |
16 |
93,8 |
260-1600 |
470 |
3-8 |
5,6 |
GT09 |
16 |
87,5 |
320-2100 |
800 |
4-10 |
6,1 |
|
Рис. 2. Дендрограмма изученных видов клопов (по методу UPGMA). А-И — соответственно Dolicorys baccarum L., Palomena prasina, Eysarcoris incospicnus h-s., Coreus marginatus, Pyrrhocoris apterus, Graphosoma lineatum L., Nezara viridula L., Piesodorus lituratus, Eurygaster integriceps Put. Шкала вверху — генетические расстояния (по M. Nei, W.-H. Li); справа приведен номер особи (образца). |
Канонический дискриминантный анализ в целом подтвердил результаты кластерного (рис. 3). У шести исследуемых видов клопов-щитников генетические расстояния до центроида составляли 9,4-12,7 (у клопа вредная черепашка — 12,0), тогда как у представителей других семейств — 13,9 (Coreus marginatus, Coreidae)и 17,6(Pyrrhocoris apterus, Pyrrhocoridae).
|
Рис. 3. Дискриминация девяти изученных видов клопов в пространстве первой и второй дискриминантных функций. А-И — соответственно Eurygaster integriceps Put., Nezara viridula L., Piesodorus lituratus, Eysarcoris incospicnus h-s., Dolicorys baccarum L., Graphosoma lineatum L., Palomena prasina, Pyrrhocoris apterus, Coreus marginatus. |
При исследовании молекулярно-генетической структуры краснодарской популяции вредной черепашки Eurogasterintegriceps Put. (табл. 2) на основании оценки частоты встречаемости RAPD-локусов в серии экспериментов (в трех аналитических повторностях при разных концентрациях ДНК в реакционной смеси) определили высоковоспроизводимые RAPD-фрагменты.
2. Частота встречаемости RAPD-фрагментов ДНК, выявляемых в популяции Eurygaster integriceps Put. при использовании разных праймеров (Краснодар, 2006, перезимовавшие особи) |
|||
Праймер ОРА06 (n =23) |
Праймер GT09 (n = 17) |
||
размер фрагмента ДНК, п.н. |
частота встречаемости в популяции, % |
размер фрагмента ДНК, п.н. |
частота встречаемости в популяции, % |
1400 |
13,0 |
1700 |
5,9 |
1300 |
13,0 |
1300 |
11,8 |
1200 |
4,3 |
1160* |
17,6 |
1160 |
17,4 |
1090* |
5,9 |
1000 |
8,7 |
1020 |
11,8 |
950 |
17,4 |
980 |
23,5 |
920 |
21,7 |
880* |
64,7 |
880 |
13,0 |
840 |
17,6 |
830 |
8,7 |
800* |
82,4 |
790* |
26,1 |
780 |
29,4 |
700 |
4,3 |
720 |
11,8 |
650* |
87,0 |
700 |
17,6 |
590* |
100,0 |
600* |
100,0 |
570 |
4,3 |
570 |
52,9 |
540 |
8,7 |
540* |
88,2 |
510* |
17,4 |
480* |
94,1 |
480 |
26,1 |
460 |
5,9 |
450 |
47,8 |
410 |
41,2 |
430 |
21,7 |
380 |
41,2 |
400* |
73,9 |
350 |
11,8 |
350 |
17,4 |
320* |
100,0 |
300 |
17,4 |
300* |
76,5 |
280* |
95,6 |
280 |
5,9 |
250 |
21,8 |
260 |
41,2 |
230 |
21,8 |
200 |
23,5 |
170 |
17,4 |
190 |
47,1 |
|
|
160 |
5,9 |
* Наиболее выраженные и высоковоспроизводимые ДНК-фрагменты. |
Из 26 выявляемых праймером ОРА06 маркерных RAPD-фрагментов ДНК у всех образцов во всех повторностях воспроизводились 7 размером 280, 400, 450, 510, 590, 650 и 790 п.н., из 27 фрагментов, выявляемых праймером GT09, — 9 размером 300, 320, 480, 540, 600, 800, 880, 1090 и 1160 п.н.
Таким образом, по результатам RAPD-анализа девяти исследованных видов клопов можно заключить, что в некоторых случаях морфологически похожие друг на друга виды могут в значительной степени генетически различаться и относительно далеко отстоять друг от друга филогенетически. И, наоборот, выделенные в разные семейства виды могут оказаться очень близки генетически и иметь много общих гомологичных последовательностей ДНК в геноме. Поэтому на основании проведенных исследований нам представляется необходимым более детальное изучение таксономической принадлежности клопа вредная черепашка Eurygaster integriceps Put.и других представителей семейства Scutelleridae. Предположение об отнесении вида Eurygaster integricepsPut. к семейству Penta-tomidae ранее также высказывали другие исследователи (15). Изучение генетической структуры краснодарской популяции Eurygaster integriceps Put. с использованием двух RAPD-праймеров позволило определить 16 наиболее выраженных и высоковоспроизводимых RAPD-маркеров, пригодных для анализа молекулярно-генетической изменчивости в популяциях этого вида.
Л И Т Е Р А Т У Р А
ГНУ Всероссийский НИИ биологической |
Поступила в редакцию |
ABOUT DNA POLYMORPHISM IN DIFFERENT BUG SPECIES (Hemiptera) WITH RAPD MARKERS
V.I. Kil’, V.V. Gronin, D.V. Krutenko, V.Ya. Ismailov
S u m m a r y
In the paper the RAPD results are presented for nine different bug species, which belong to various genera and families. The molecular-genetic polymorphism of insects was studied with two PCR primers — ОРА06 and GT09. Using the most frequent and reproducible DNA fragments (58 RAPD markers) cluster analysis (UPGMA) and canonical discriminant analysis were conducted. All the 127 insects clearly divided into separate clusters according to their species. So, a separate group was formed by stink bugs (Pentatomidae) including such a species as Sunn pest (Eurygaster integriceps, Scutelleridae). Genetic similarity of Sunn pest to other Pentatomidae species seems to indicate that the tested bugs rather belong to Pentatomidae than to Scutelleridae.