Сельскохозяйственная биология, 2012, № 6, с. 116-121.

doi: 10.15389/agrobiology.2012.6.116rus

УДК 631/635:579.64:57.088

РАЗРАБОТКА МЕТОДИКИ МОЛЕКУЛЯРНО-ГЕНЕТИЧЕСКОЙ ПАСПОРТИЗАЦИИ ШТАММОВ СЕЛЬСКОХОЗЯЙСТВЕННЫХ МИКРООРГАНИЗМОВ С ПОМОЩЬЮ AFLP-ФИНГЕРПРИНТИНГА

В.И. САФРОНОВА, Е.П. ЧИЖЕВСКАЯ, Е.Е. АНДРОНОВ

Объектом исследования были 16 штаммов из Ведомственной коллекции полезных микроорганизмов сельскохозяйственного назначения Россельхозакадемии (ВКСМ), относящиеся к родам Bacillus, Lactobacillus, Rhizobium и Bradyrhizobium. Целью работы была разработка методики генотипической паспортизации штаммов с помощью AFLP-фингерпринтинга, обеспечивающего детекцию нуклеотидного полиморфизма и мелких геномных перестроек. В результате исследований разработан протокол проведения AFLP-фингерпринтинга, начиная от выделения ДНК из клеток микроорганизмов и заканчивая компьютерной обработкой данных. Показано, что метод AFLP-фингерпринтинга обладает высокой штаммовой специфичностью, разрешающей способностью и воспроизводимостью результатов. Метод может быть использован для получения индивидуальных генетических паспортов микроорганизмов, депонируемых в ВКСМ, в целях защиты авторских прав на коммерческие штаммы.

Ключевые слова: микробиологическая коллекция, генетическая паспортизация коммерческих штаммов микроорганизмов, AFLP-фингерпринтинг.

Полный текст

OPTIMIZATION OF THE AFLP-FINGERPRINTING METHOD FOR A MOLECULAR-GENETIC CERTIFICATION OF AGRICULTURAL MICROORGANISMS

V.I. Safronova, E.P. Chizhevskaya, E.E. Andronov

The study involved 16 strains of the Russian collection of agricultural microorganisms (RCAM) related to the genera Bacillus, Lactobacillus, Rhizobium, and Bradyrhizobium. The aim of the work was to develop a procedure of the genotypic certification of strains with AFLP-fingerprinting (amplified fragment length polymorphism), providing detection of nucleotide polymorphisms and small rearrangements. As a result the protocol of AFLP-fingerprinting, ranging from the isolation of DNA from microbial cells and ending with computer data processing is developed. It is shown that the method of AFLP-fingerprinting has a high specificity, resolution and reproducibility of results. This method can be used to obtain individual genetic passports of microorganisms deposited in the RCAM, in order to protect the copyright of the commercial strains.

Keywords: microbial collections, genotypic certification of microorganisms, AFLP-fin-gerprinting.

Оформление электронного оттиска