doi: 10.15389/agrobiology.2019.3.469rus
УДК 635.127:577.152.31:577.151.64:577.21
QTL КАРТИРОВАНИЕ ИЗОФЕРМЕНТНЫХ ФОРМ ЭСТЕРАЗ
ЗРЕЛЫХ СЕМЯН У Brassica rapa L. (обзор)
А.С. РУДАКОВА1, С.В. РУДАКОВ1, А.М. АРТЕМЬЕВА2, Д.А. ФАТЕЕВ2,
Н.В. КОЧЕРИНА3, Ю.В. ЧЕСНОКОВ3
С 1960-х годов изоферменты хорошо известны как одни из наиболее распространенных биохимических маркеров. Установление общей изменчивости изоферментных систем и выявление их генетического контроля сохраняют актуальность, позволяя вскрывать тонкие механизмы взаимоотношения организма с окружающей средой и гомеостаза и разрабатывать эффективные биохимические маркеры для экспресс-оценки генетически и селекционно значимого материала. В представленной работе нами впервые идентифицированы и картированы локусы хромосом, отвечающие за проявление активности 13 различных изоформ эстераз зрелых семян у Brassica rapa L. В исследовании использовали линии удвоенных гаплоидов двух картирующих популяций — DH30 и DH38. Все выявленные изоформы эстераз по электрофоретической подвижности подразделялись на три группы. Группа изоформ А1-А3 обладала большой молекулярной массой и малой электрофоретической подвижностью, группа изоформ В1-В7 характеризовалась средней молекулярной массой и проявляла среднюю электрофоретическую подвижность, группу С1-С3 составляли изоформы с малой молекулярной массой и, соответственно, наибольшей электрофоретической подвижностью. Каждая из родительских форм (как и каждая из исследованный линий картирующих популяций) имела уникальный электрофоретический спектр изоформ эстераз. На основании полученных электрофоретических данных для обеих популяций был проведен QTL-анализ и установлены локусы хромосом, определяющие проявление каждой изоформы эстеразы, выявленной у линий картирующих популяций DH30 и DH38. Использованный подход множественного интервального QTL-картирования (composite interval mapping) в сочетании с тестом пермутации (1000 повторений) при уровне статистической значимости p < 0,05 позволил идентифицировать и локализовать на хромосомах локусы (QTL, quantitative trait loci), определяющие проявление всех изоформ эстераз, идентифицированных методом гель-электрофореза. Исключение составили изоформы А1 для популяции DH38 и изоформы В7 для популяции DH30, для которых мы не получили результатов QTL-анализа из-за малого объема исходных данных по этим изоформам у соответствующей картирующей популяции. Всего картировали 35 QTL изоформ эстераз в случае картирующей популяции DH30 и 39 QTL для популяции DH38. В результате проведенного QTL-анализа выявили молекулярные маркеры, генетически сцепленные с идентифицированными локусами, и рассчитали процент фенотипической изменчивости, определяемый каждым из выявленных QTL. По данным изоферментного анализа был проведен расчет гетерозиготности для обеих популяций в каждом локусе Hl и общей гетерозиготности Hобщ., а также дисперсии гетерозиготности Var(Hl) по одному локусу и дисперсии средней гетерозиготности внутри каждой из популяций Var(Hобщ.). Выявленная гетерозиготность рассматривалась как средняя порция локусов с двумя различными аллелями в одном локусе у одной особи и могла быть определена как наблюдаемая гетерозиготность, характеризующая часть генов, по которым изучаемая популяция гетерозиготна. Показано, что в изученных популяциях линий удвоенных гаплоидов QTL, детерминирующие комплекс изоферментов эстераз, находятся в основном во 2-й, 4-й, 6-й и 9-й группах сцепления и формируют блоки коадаптированных генов и геномные коадаптированные блоки генов, что подчеркивает важность вклада этих локусов в онтогенез и адаптивность растений B. rapa. Выполненное молекулярно-генетическое картирование в сочетании с биохимическим анализом спектров изоформ эстераз зрелых семян у B. rapa позволили обнаружить генетические детерминанты, определяющие проявление изученных признаков, а также распределение картированных QTL по геному, что в перспективе дает возможность проводить эффективный молекулярно-генетический скрининг образцов коллекции и селекционного материала у вида B. rapa по изученным биохимическим признакам при генетико-селекционных исследованиях.
Ключевые слова: Brassica rapa L., биохимический анализ, эстеразы, изоформы, зрелые семена, картирование, QTL, гетерозиготность популяций.
QTL MAPPING OF ESTERASE ISOZYME FORMS IN Brassica rapa L. MATURE SEEDS (review)
A.S. Rudakova1, S.V. Rudakov1, A.M. Artemyeva2, D.A. Fateev2,
N.V. Kocherina3, Yu.V. Chesnokov3
Since the 1960s, isoenzymes have been well known as one of the most common biochemical markers. Establishing the overall variability of the isoenzyme systems and identifying their genetic control retain their relevance, allowing researchers to reveal the fine mechanisms of the relationship of the organism with the environment and homeostasis and to develop effective biochemical markers for rapid assessment of genetically and selectively significant material. In this paper, the chromosome loci responsible for the activity of 13 different esterase forms of mature seeds in Brassicarapa L. were identified and mapped for the first time. The doubled haploid lines of two mapping populations, DH30 and DH38, were studied. All identified esterase isoforms were divided into three groups according to their electrophoretic mobility. The group of isoforms A1-A3 had a high molecular weight and low electrophoretic mobility. The group of B1-B7 isoforms exhibited an average molecular weight and an average electrophoretic mobility. The C1-C3 group consisted of isoforms having a low molecular weight and, consequently, the highest electrophoretic mobility. Each of the parental forms, as well as each of the studied lines of mapping populations, had its own unique electrophoretic spectrum of esterase isoforms. Based on the electrophoretic data obtained for both populations, a QTL analysis was carried out and chromosome loci were identified, determining the manifestation of each esterase isoform identified in the mapping lines of populations DH30 and DH38. The composite interval mapping approach, combined with a permutation test (1000 iteration) and a confidence level of p < 0.05, allowed us to identify and locate QTLs on chromosomes that determine the manifestation of all esterase isoforms identified by gel electrophoresis, with the exception of A1 isoform for the DH38 population and B7 isoform for the DH30 population. For these two isoforms, no QTL analysis results were obtained because of limitation in initial data on these isoforms in the corresponding mapping population. A total of 35 QTLs for esterase isoforms were mapped for DH30 mapping population and 39 QTLs for DH38 population. As a result of the QTL analysis, molecular markers genetically linked to the identified loci and the percentage of phenotypic variability determined by each of the identified QTLs were also identified. According to isoenzyme analysis, the heterozygosity of both populations in each Hl locus and total heterozygosity Htotal, as well as Var(Hl) heterozygosity dispersions for one locus and the variance of average heterozygosity within each population Var(Htotal) were calculated. The identified heterozygosity was considered as the average portion of loci with two different alleles in one locus in one individual and could be defined as the observed heterozygosity characterizing the part of the genes for which the studied population is heterozygous. It was shown that in the studied populations of doubled QTL haploid lines, which determine the complex of esterases isoenzymes, are found mainly in the 2nd, 4th, 6th, and 9th linkage groups and form blocks of co-adapted genes and genomic co-adapted gene blocks, which emphasizes the importance of the contribution of these loci in the ontogenesis and adaptability of plants B. rapa. In general, the carried out molecular genetic mapping and biochemical analysis of the studied biochemical traits of various manifestation of esterase isoforms in mature seeds of B. rapa revealed genetic determinants of the studied characters, as well as the genome distribution of mapped QTLs, which in the long term makes it possible to conduct effective molecular and genetic screening of collection accessions and breeding material of the B. rapa species according to these biochemical characters when performing genetic and selection investigations in this species.
Keywords: Brassica rapa L., biochemical analysis, esterase isoforms, mature seeds, QTL mapping, population heterozygosity.
1Universitatea de Stat din Moldova, |
Поступила в редакцию |
